Die Pfefferwerk Stadtkultur gGmbH betreibt drei Grundschulen (staatlich genehmigte/anerkannte Ersatzschulen), die aus Elterninitiativen entstanden und mit den jeweiligen Elternvereinen gegründet wurden. Dabei ist der Elternverein jeweils Träger der Ganztagsbetreuung (Hort) und Pfefferwerk der Schulträger. Alle wichtigen Entscheidungen werden im Abstimmung zwischen der Pfefferwerk Stadtkultur gGmbH, dem Elternverein und der pädagogischen Leitung getroffen.

Die Freie Grundschule Pfefferwerk im Prenzlauer Berg arbeitet weitgehend nach der Montessori-Pädagogik. Die Schüler/innen werden in Lerngruppen der Klassenstufen 1/2/3 und 4/5/6 unterrichtet. Freiarbeit, Projektarbeit und Selbstevaluation sowie Selbstwirksamkeit sind Grundlagen des an der Entwicklung und Persönlichkeit der Schüler/innen gestalteten Schulalltags.

In der Berlin Kids International School erwartet zweisprachige Kinder ein internationaler und multikultureller jahrgangsübergreifender Schulalltag, mit flexiblen Unterrichtseinheiten und Ganztagsbetreuung. Individuelle Förderung, Unterricht auf englisch und deutsch und fächerübergreifende Projekte sind Kennzeichen dieser Schule im Aufbau. Ab August 2012 wird die BKIS mit dem Start der Sekundarstufe zu einer Gemeinschaftsschule.

Der Name der jüngsten Schule, der W-I-R-Grundschule, steht für „wünschen, initiieren, realisieren". Das Besondere an dieser Schule ist die geplante Bildungs- und Erziehungspartnerschaft zwischen Eltern und Schule. Im Mittelpunkt des Konzeptes stehen Philosophie und Kommunikation auf reformpädagogischen Grundlagen.